Населённый пункт возник во второй половине XIX века как поселение при железнодорожной станции I класса Николаевской железной дороги на пути из Санкт-Петербурга в Москву. Рядом с поселением находился стекольный завод, купленный братьями Курженковыми в 1837 году. Первоначальным названием поселения было Концы (по наименованию близлежащей деревни), но в 1874 году станция (а с ней — и поселение) получила название Большая Вишера.
Как и лежавший рядом посад Малая Вишера, пристанционный посёлок Большая Вишера входил в состав Крестецкого уезда Новгородской губернии. 30 марта 1918 года постановлением Новгородского губисполкома был образован самостоятельный Маловишерский уезд. С 1 августа 1927 года Большая Вишера — в составе Маловишерского района Ленинградской области.
Указом Президиума Верховного Совета СССР от 11 сентября 1938 года населённый пункт Большая Вишера был отнесён к категории рабочих посёлков с включением в его черту деревни Концы Большевишерского сельсовета.
Во время Великой Отечественной войны посёлок Большая Вишера с 23 октября по 22 декабря 1941 года был оккупирован немецко-фашистскими войсками.
После образования 5 июля 1944 года Новгородской области посёлок Большая Вишера вместе со всем Маловишерским районом перешёл в её состав.
Со вступлением в силу 1 января 2006 года закона Новгородской области № 559-ОЗ от 11 ноября 2005 года «Об административно-территориальном устройстве Новгородской области» рабочий посёлок Большая Вишера стал административным центром Большевишерского городского поселения. Постановлением Новгородской областной думы № 936-ОД от 25 февраля 2009 года посёлок с 1 сентября 2009 года преобразован в сельский населённый пункт — посёлок Большая Вишера.